El municipio presenta una gran diversidad en este ámbito. En áreas del valle donde el terreno no es demasiado plano pero tampoco demasiado accidentado, se encuentran zonas de mezquitales. En las sierras de Zapotitlán y Zongolica, la vegetación está constituida principalmente por matorral desértico, chaparrales y vegetación de selva baja caducifolia. Al noroeste, donde el municipio alcanza mayor altura y el clima es más templado, se presentan bosques de pino-encino. En la carretera Tehuacán-Cuicatlán (211 km) predominan las cactáceas, entre ellas, se encuentran muchísimos cactus y biznagas.
Flora
La provincia florística denominada Tehuacán-Cuicatlán, localizada en la parte sureste del Estado de Puebla y al noreste del Estado de Oaxaca, forma parte de la región xerofítica mexicana. El Valle Tehuacán-Cuicatlán, pese a estar ubicado en dos entidades federativas y ser de gran extensión, constituye una sola unidad biogeográfica de relevancia mundial debido principalmente a la amplia gama de hábitats y de especies de fauna y flora silvestres representativos de la biodiversidad nacional, incluidas algunas de estas últimas en las categorías endémicas, amenazadas y en peligro de extinción. De acuerdo al decreto por el que se declara la Reserva de la Biosfera Tehuacán-Cuicatlán (1998) existen en esta zona más de 3,000 especies vegetales y animales superiores, entre las que resaltan las cactáceas.
Fauna
La fauna de Tehuacán se conoce en menor que la flora, pero se puede afirmar que está conformada por especies tales como hormigas, termitas, serpientes, lagartijas, conejos, ardillas, liebre de campo y pequeñas aves como pájaros carpinteros, codornices, chichicuilotes, palomas, lechuzas búhos, gorriones mexicanos, colibríes, zopilotes, golondrinas y halcones. Entre los vertebrados se pueden incluir la gran variedad de anfibios y reptiles, los murciélagos y las aves; también hay gran variedad de alacranes, teporingos los cuales son muy característicos de la región, y alicantes.
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